I confini del parco spaziano dalle scogliere calcaree di Capo Caccia — che si elevano per 168 metri sul livello del mare — alle praterie di Posidonia oceanica che ancorano il fondale a profondità comprese tra i cinque e i quaranta metri. Queste praterie, riconosciute come habitat prioritario UNESCO, producono ossigeno a ritmi paragonabili alle foreste terrestri, offrendo riparo a pesci giovani, polpi e alla specie protetta della nacchera Pinna nobilis.
Lo snorkeling lungo la costa di Alghero rivela strati geologici risalenti all'era Mesozoica. Le bianche scogliere di Capo Caccia sono composte da calcare dolomitico depositatosi quando questa regione giaceva sotto un mare cretaceo poco profondo. L'erosione ha scavato le grotte del promontorio — la Grotta di Nereo scende a 42 metri sotto il livello dell'acqua, accessibile solo tramite immersioni guidate — e ha creato la topografia carsica che definisce il paesaggio terrestre del parco. L'insenatura di Tramariglio, riparata dal fianco occidentale del capo, offre il punto di ingresso più calmo per le escursioni di snorkeling; la luce del mattino penetra qui nella colonna d'acqua fino a dodici metri di profondità, illuminando il substrato roccioso dove la cernia bruna e il sarago si nutrono.
La fauna marina del parco include 34 specie di corallo, compreso il corallo rosso Corallium rubrum, raccolto fin dall'antichità romana. Le moderne leggi sulla conservazione vietano l'estrazione all'interno dei confini del parco, consentendo alle colonie di crescere su pareti rocciose verticali tra i quindici e i trenta metri di profondità. Chi pratica snorkeling con operatori certificati osserva spesso le gorgonie gialle Eunicella cavolini oscillare nella corrente, con i polipi estesi per filtrare il plancton. Le tartarughe marine Caretta caretta, monitorate via satellite dal 2019, utilizzano le praterie di posidonia del parco come zone di foraggiamento durante le migrazioni estive.
Il porto di Alghero, situato a quattro chilometri a sud dall'ingresso del parco in località Tramariglio, funge da punto di partenza per la maggior parte delle escursioni di snorkeling in barca. Gli operatori navigano oltre il faro di Punta Giglio — operativo dal 1864 — prima di ancorare in calette dove il substrato triassico incontra il mare. Il miglior snorkeling che Alghero offre si concentra attorno a questi siti riparati: la visibilità supera i venti metri nelle giornate calme e la temperatura dell'acqua si mantiene tra i 23°C e i 26°C da giugno a settembre. L'autorità del parco monitora queste zone tutto l'anno, facendo rispettare le restrizioni all'ancoraggio per proteggere il fondale dai danni causati dalle eliche.
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